Дуплекс модифика

Стандартной составной частью нагревателя. Единицы в модификации T с теплопроводным нагревателем должны быть вооружены створчатым. LF V. К нагревателю можно альтернативно поставить регуляционный узел для управления нагревательной. Интегрированный регистр из медных труб и напрессованных дюралевых ламелей, в то беря во внимание ванну для захвата. По требуемой мощности, типу. Водяной охладитель. Предоставляет возможность. Вкупе с циркуляционным клапаном нужно. В случае что единица содержает также.

Интегрированный регистр из медных труб и напрессованных дюралевых ламелей, в то беря во внимание ванну. По требуемой мощности, типу холодильного агента и воздушным характеристикам. Малогабаритная единица в основном составе содержает подводящий и оттяжной радиальный вентилятор с упруго.

Измененный белок р50 подвергали трипсинолизу и анализировали продукты протеолитического расщепления способом обращенно-фазовой ВЭЖХ. Определение аминокислотной последовательности этих 3-х пептидов способом Эдмана подтвердило, что метку 14С содержал конкретно аминокислотный остаток Cys Приобретенные в работах [50] и [] результаты подверждали данные PC А комплексов гомодимера р50 с участками узнавания в ДНК [94, 95], согласно которым, выявленные способом хим модификации белка остатки лизина и цистеина вправду задействованы в процессе связывания кВ-содержащих дуплексов.

Внедрение мутантных форм белка для определения аминокислотных остатков фактора транскрипции NF-кВ, принимающих роль в связывании ДНК и димеризации Для определения областей NF-кВ, вовлеченных в процессы димеризации и связывания ДНК, создателями работы [] были сконструированы химерные белки, представляющие собой комбинацию субъединиц р50 и RelA человека рис.

Результаты работы [] проявили, что на способность химерных белков рис. Способность химерных белков связываться с участком узнавания в ДНК определяли способом "торможения в геле". В итоге были выявлены аминокислотные последовательности р50 и рб5 субъединиц, определяющие специфика их связывания с участком узнавания в ДНК. Предпосылкой, возможно, послужили конформационные перестройки, сопровождающие проведенные аминокислотные подмены.

Таковой белок, в отличие от начального, был спсобен образовывать комплексы с участками узнавания RelA. Приобретенный итог выявил определяющую роль аминокислотного остатка His64 р50 в обеспечении специфики связывания р50 с определенными кВ-участками. Ранее способность тиоловых групп цистеина просто алкилироваться под действием йодацетамида была применены в работе [] для получения ковалентной связи меж подходящим производным олигонуклеотида и цистеинсодержащим пептидом.

Йодацетамидная группировка вводилась на 5 -конец цепи ДНК в процессе ацетилирования йодацетангидридом аминогруппы в составе начального 5 -аминогексильного производного олигонуклеотида. Принципиальной индивидуальностью реакции являлось проведение ее в слабощелочной среде рН 8,3. В качестве начальных соединений для направленного введения в состав углеводофосфатного остова ДНК йодацетамидных группировок мы употребляли синтетические олигонуклеотиды, содержащие единичные 2 -амино-2 -дезоксиуридиновые звенья схема 2.

Внедрение таковых олигонуклеотидов-«предшественников» дает возможность получать ДНК-дуплексы, реакционноспособная группировка в которых пространственно сближена с определенным остатком цистеина в ДНК-белковом комплексе. Не считая того, в критериях проведения реакции ацилирования водно-органическая среда, рН 8,3 [] 2 -аминогруппа находится в значимой степени в активной непротонированной форме рКа 6,2 [] , а экзоциклические аминогруппы гетероциклических оснований не подвергаются модификации.

Измененный ДНК-дуплекс , не содержащий кВ-участка, служил нехорошим контролем связывания. 1-ое число в номере ДНК-дуплекса показывает на длину олигонуклеотидной цепи, содержащей химически активную группу, 2-ое - на тип используемого ДНК-лиганда см.

Предложенный нами вид нумерации всепригоден и будет в предстоящем использован для обозначения остальных ДНК-лигандов. Выбор мест введения 2 -дезокси-2 -йодацетамидоуридиновых звеньев в состав ДНК базировался на построенных ранее схемах взаимодействия гомодимера р50 субъединицы NF-кВ С участками узнавания различной первичной структуры рис. Синтез и характеристики олигонуклеотидов с единичной 2 -йодацетамидной группировкой В качестве начальных соединений для синтеза измененной цепи 2 -йодацетамидсодержащих ДНК-лигандов были применены надлежащие синтетические олигонуклеотиды с единичными 2 -амино-2 -дезоксиуридииовыми звеньями nU, любезно предоставленые научным сотрудником Хим факультета МГУ к.

Зубиным: В итоге реакции образовывалось соединение, владеющее наименьшей подвижностью в геле, чем начальный олигонуклеотид и его йодацетильное производное, и, по-видимому, представляющее собой конъюгат глутатиона и измененного олигонуклеотида рис. Образование конъюгата происходит с количественным выходом и может служить подтверждением высочайшей реакционной возможности йодацетилировапных производных ДНК в реакции с цистеинсодержащими пептидами и белками.

В связи с сиим, ДНК-лиганды типа I, используемые для аффинной модификации белка р50, получали конкретно перед их внедрением методом гибридизации йодацетилировапных олигонуклеотидов с комплементарными матрицами в буфере А рН 7,5 при комнатной температуре в течение 1 ч.

Комплексообразование и ко валентное связывание 2 - йодацетамидсодержащих ДНК-лигандов с гомодимером р50 субъединицы NF-KB Способность 2 -йодацетамидсодержащих ДНК-лигандов образовывать специальные комплексы с гомодимером р50 субъединицы NF-KB изучалась способом «торможения в геле». Сущность способа заключается в том, что в процессе гель-электрофореза в неденатурирующих критериях комплекс белка с радиоактивно меченой ДНК сохраняется по последней мере отчасти , и его подвижность в геле значительно меньше, чем подвижность ДНК.

Таковым образом нами было показано, что введение 2 -дезокси-2 -йодацетамидоуридинового звена в положения 5, 6 и 7 Ig-кВ - и И-кВ -участков значительно не влияет на способность ДНК-лигандов связываться с гомодимером р Следует отметить, что неспецифический ДНК-дуплекс , не содержащий кВ-участка, не взаимодействовал с белком рис.

Параллельно мы изучили возможность взаимодействия 2 -йодацетамидсодержащего дуплекса с разными цистеинсодержащими белками. Эти белки способны взаимодействовать с случайной последовательностью ДНК с образованием неспецифических комплексов [, , ]. Реакции ковалентного связывания проводили в соответственных буферах см. Как видно из рис. Формирование ковалентной связи меж 2 -йодацетамидсодержащей олигонуклеотидной цепью дуплекса и белком наблюдалось лишь в случае гомодимера р50 субъединицы NF-KB.

Совокупа приобретенных данных свидетельствует о том, что образование ковалентной связи ДНК-белок с ролью 2 -йодацетамидсодержащих ДНК-лигандов не лишь отлично, но и высокоспецифично. Введенные в 2 -положение углеводофосфатного остова ДНК, данные группировки реагируют с нуклеофильной группой пространственно сближенного аминокислотного остатка лишь в составе специфичного белково-нуклеинового комплекса.

При проведении реакций ковалентного присоединения ДНК-дуплексов, содержащих химически активные группировки, к белкам и пептидам, особенное внимание следует уделять дилемме селективности их связывания по отношению к определенным аминокислотным остаткам белка пептида. Из литературных данных понятно, что йодацетамид в определенных критериях способен алкилировать не лишь тиоловые группы цистеина, но и нуклеофильные группы остатков метионина, гистидина, лизина и аспарагиновой кислоты [].

Данная способность зависит от рН реакционной консистенции и особенностей микроокружения модифицируемого аминокислотного остатка в составе пептида либо белка. Так, преимущественное алкилирование тиоловых групп цистеина наблюдается при проведении реакции в интервале значений рН от 7,5 до 8,5. Как проявили опыты, при синтезе фосфорилдисульфидньгх производных по способу «2» лучше активировать меркаптокомпонент: 5 -меркаптопроизводные наиболее склонны к окислению до 5 ,5 -дитиодимеров, чем олигонуклеотид-З -тиофосфаты до соответственных 3 ,3 -дифосфорилдисульфидов [].

Для получения 5 -дезокси-5 -меркаптопроизводных олигонуклеотидов в качестве начальных соединений были применены 5 -дезокси-5 -тритилтиопроизводные соответственных олигонуклеотидов. Тритильные группы удаляли 8,5 мМ веществом нитрата серебра согласно методике [] с некими модификациями.

Реакции проводили при 0С. Следовательно, за протеканием реакции можно смотреть спектрофотометрически по количеству образующегося 2-тиопиридона. Реакция образования ФДГ в составе модельного олигонуклеотида по способу «2» проводилась при 25С. В итоге для каждого значения рН буферной консистенции были получены отдельные кинетические кривые скопления 2-тиопиридона рис.

Константу скорости реакции образования ФДГ в составе модельного олигонуклеотида кг вычисляли по формуле: где Со Х и Co Y - исходные концентрации З -тиофосфорилированного и 5 - 2-пиридилдисульфид содержащего компонентов олигонуклеотидной цепи, соответственно, С -концентрация 2-тиопиридона, выделившегося за время t. Дальше были построены надлежащие графики зависимости от времени и по тангенсу угла наклона определены значения кг. Проведенные исследования проявили, что с уменьшением рН скорость реакции образования ФДГ в составе олигонуклеотида по способу «2» увеличивается.

Так, к примеру, при уменьшении рН от 7 до 4,5 константа скорости увеличивалась приблизительно в 60 раз. Зная приблизительные значения констант диссоциации многофункциональных групп, участвующих в образовании ФДГ, а также на основании данных статьи [], мы представили, что механизм реакции образования ФДГ, по-видимому, подразумевает атаку моноаниона 3 -тиофосфорилированного компонента на монокатион 2-пиридилдисульфидного производного олигонуклеотида.

Протонирование атома азота пиридинового цикла, возможно, наращивает электрофилыюсть атома серы, связанного с метиленовой группой олигонуклеотидного компонента и делает протонированный 2-тиопиридон наилучшей уходящей группой схема 2. Скорость реакции в этих критериях оказалась так велика, что рост оптической плотности при выделении 2-тиопиридона не удавалось детектировать спектрофотометрически, кинетическая кривая сходу выходила на плато данные не показаны.

Таковым образом, нами было установлено, что для получения ФДГ-содержащего олигонуклеотида по способу «2» не требуется наращивать время реакции, а довольно уменьшить рН реакционной консистенции либо добавить в раствор комплементарную матрицу. Олигонуклеотиды, содержащие ФДГ, являются классом сравнимо новейших соединений, отличительная изюминка строения которых заключается в различной электрофильности атомов серы, входящих в состав дисульфидной группы.

Предполагаемый Дополнительно нами были исследованы характеристики олигонуклеотидов, содержащих ФДГ, по отношению к действию таковых низкомолекулярных пуклеофилов, как Е-аминогруппа аминокислоты лизина и тиоловая группа цистеина табл. Приобретенные данные разрешают представить, что измененная группировка в составе ДНК-белкового комплекса будет в большей степени взаимодействовать с остатками цистеина белка, в то время как остатки лизина фактически не будут вступать в реакцию.

Данный пептид, содержащий остаток цистеина, количественно расщеплял дисульфидную связь ФДГ, как в составе одноцепочечного олигонуклеотида, так и в составе соответственного ДНК-дуплекса рис. Отметим, что в итоге атаки тиоловой группы глутатиона происходил не лишь разрыв ФДГ, но образование соединения, владеющего наименьшей подвижностью в геле, чем начальный 5 -дезокси-5 -меркаптокомпонент олигонуклеотидной цепи, и представляющего собой, по всей видимости, конъюгат пептида и данного компонента.

Синтезированный олигонуклеотидопептид владел той же подвижностью в геле, что и продукт реакции взаимодействия ФДГ-содержащего олигонуклеотида с глутатионом рис, 2. Таковым образом, показано, что атака тиоловой группы остатка цистеина пептида либо белка ориентирована на электрофильный атом серы ФДГ, связанный с метиленовой группой олигонуклеотида схема 2. Следовательно, для того, чтоб зафиксировать образование ковалентной связи меж ДНК-лигандом Ш-го типа стр.

Измененный дуплекс , содержащий в собственном составе лишь половину кВ-участка, предполагалось применять в качестве негативного контроля. Олигоиуклеотидные цепи, содержащие ФДГ, были синтезированы по способу «2» в буфере Г рН 4,5 в отсутствие комплементарной матрицы схема 2. Следующее формирование химически активных ДНК-лигандов проводили в течение 1 ч при комнатной температуре, смешивая эквимолярные количества измененной цепи и комплементарной матрицы.

При исследовании способом УФ-спектроскопии термической стойкости ФДГ-содержащих ДНК-лигандов, оказалось, что введение единичной pSS-группировки в состав немодифицированного -кВ -содержащего дуплекса 19N понижало его температуру «плавления» на С, то есть приводило только к незначимой дестабилизации. Неспецифический ДНК-дуплекс Ш фактически не взаимодействовал с белками рис.

Анализ взаимодействия доменов репликативного белка А человека с частичными ДНК-дуплексами способами ограниченного протеолитического расщепления и аффинной модификации Пестряков Павел Ефимович. Измененные ДНК-дуплексы с включениями тимидингликоля. Фотосенсибилизированная модификация ДНК-полимераз в реконструированных ансамблях белков и в экстрактах клеток и ядер Лебедева Наталья Александровна.

С5-цитозиновая ДНК-метилтрансфераза Ssoll как бифункциональный белок: исследование взаимодействия с участком метилирования и с промоторной областью генов системы рестрикции-модификации Ssoll Воробьева Ольга Валерьевна. C5-цитозиновая ДНК-метилтрансфераза Ssoll как бифункциональный белок: исследование взаимодействия с участком метилирования и с промоторной областью генов системы рестрикции-модификации Ssoll Воробьева Ольга Валерьевна.

Индивидуальности хим лигирования в ДНК-дуплексах необыкновенной пространственной структуры Федорова, Ольга Александровна. А Для вас нравится? ДНК-дуплексы, содержащие реакционноспособные группировки в углеводофосфатном остове, как реагенты для аффинной модификации остатков цистеина и лизина белков Романенков Андрей Сергеевич. Содержание к диссертации Введение 1. Функционирование и роль NF-кВ В клеточке 10 1. Хим модификация ДНК 37 1.

Хим модификация аминокислотных остатков фактора транскрипции NF-кВ 38 1. Внедрение способа аффинной модификации белка реакционноспособными аналогами ДНК для зондирования контактов фактора транскрипции NF-кВ с кВ-участком 47 2. ДНК-дуплексы, содержащие реакционноспособные группировки в углеводофосфатном остове, как реагенты для аффинной модификации остатков цистеина и лизина белков 53 2.

Внедрение ДНК-дуплексов, содержащих мелснуклеотидные фосфорилдисульфидпые группировки, для аффинной модификации белков 90 2. Синтез и характеристики фосфорилдисульфидсодержащих олигонуклеотидов 90 2. Аффинная модификация остатков лизина белков ДНК-дуплексами, содержащими реакционноспособные группировки вуглеводофосфатном остове 2. Определение ДНК-белковых контактов в комплексах фактора транскрипции NF-кВ с ДНК способом рентгеноструктурного анализа В году разными создателями были размещены две работы по РСА комплексов гомодимера р50 субъединицы фактора транскрипции NF-кВ с олигонуклеотидными дуплексами, содержащими кВ-участок [94, 95].

Синтез и характеристики фосфорилдисульфидсодержащих олигонуклеотидов Как проявили опыты, при синтезе фосфорилдисульфидньгх производных по способу «2» лучше активировать меркаптокомпонент: 5 -меркаптопроизводные наиболее склонны к окислению до 5 ,5 -дитиодимеров, чем олигонуклеотид-З -тиофосфаты до соответственных 3 ,3 -дифосфорилдисульфидов [].

Похожие диссертации на ДНК-дуплексы, содержащие реакционноспособные группировки в углеводофосфатном остове, как реагенты для аффинной модификации остатков цистеина и лизина белков. Подробная информация. Каталог диссертаций. Служба поддержки. Каталог диссертаций Рф.

Англоязычные диссертации. Диссертации безвозмездно. Предстоящие защиты. Рецензии на автореферат. Отчисления создателям. Мой кабинет. Заказы: забрать, оплатить. Мой личный счет. Мой профиль. Мой авторский профиль. Подписки на рассылки. Для обычной работы веб-сайта нужно включить JavaScript.

Похожие диссертации на ДНК-дуплексы, содержащие реакционноспособные группировки в углеводофосфатном остове, как реагенты для аффинной модификации остатков цистеина и лизина белков Анализ взаимодействия доменов репликативного белка А человека с частичными ДНК-дуплексами способами ограниченного протеолитического расщепления и аффинной модификации Пестряков Павел Ефимович Измененные ДНК-дуплексы с включениями тимидингликоля.

Правила оказания услуг Отчисления создателям Политика конфиденциальности и обработка индивидуальных данных. Cкачать диссертации и авторефераты безвозмездно Предстоящие защиты диссертаций. Математика Фармацевтика. Химия Биология. Геология Техника.

Собой символ столицы германии классно

Знаю, что святой влас болгария 5-бальной троечка